Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
阳希转生到了异世界。可既不是勇者也不是魔王，偏偏成了个不上不下的魔族——魔王部下。某天，勇者小队为讨伐魔王攻入魔王城。身为守将的阳希本应迎战，却对敌方牧师塞西莉娅一见钟情。
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
波特比是一种机械生物，就像电子宠物一样。它能吃，能睡，会玩，甚至可以帮主人干活。刚升上国一的花小金井云雀从常出现在她梦里的王子葛林邦席泰克那里，得到了一只名为传助的波特比。一群神秘的人试图抢夺传助，云雀惊奇的发现，传助竟变身成强有力的电子斗士击退了敌人。云雀的朋友也收到了同样的波特比。她们一起，组成了——秋叶原电脑组。
本作以温泉涌动的海滨城市热海为舞台，讲述经营小型洗衣店的主角金目绵花奈与身边众人交织的温情故事。开朗勤劳的金目虽热爱温泉，却因两年前的事故渐渐失去旧时记忆......
